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L’impôt sur le capital est perçu uniquement au niveau du canton et de la commune. Tout comme pour l’impôt sur le bénéfice, le taux de base cantonal est multiplié par des coefficients (ou centimes) cantonaux et communaux. Le taux de base est de 0.06 % dans le canton de Vaud, 0.18 % dans le canton de Genève et 0.075% dans le canton de Zurich.
Dans la majeure partie des cantons, par exemple Vaud, Genève, Berne ou Thurgau, l’impôt sur le capital est imputé à l’impôt sur le bénéfice. Cela signifie que dès lors que l’impôt cantonal et communal sur le bénéfice excède l’impôt sur le capital, ce dernier est annulé. Ainsi, dès lors que le bénéfice imposable excède 2% pour le canton de Vaud, 7% pour le canton de Genève et 0.6% pour le canton de Thurgau, du capital propre, l’impôt sur le capital est imputé. A noter que l’imputation à Genève se fera progressivement par tranche de 25% pour arriver à une imputation entière dès 2025. La plupart des cantons suisses ont déjà introduit cette mesure, à part quelques exceptions.
Ensuite, bien que la RFFA a supprimé les statuts fiscaux spéciaux, dont le statut de société holding qui permettait une imposition du capital propre à un taux réduit, la RFFA laisse la possibilité aux cantons de prévoir un taux réduit pour les prêts à long terme, les participations et les brevets. Ceci revient en essence à taxer à un taux privilégié les sociétés qui ont pour activité principale de détenir des participations. Les taux varient fortement d’un canton à l’autre. Ainsi Genève, qui est l’un des cantons les moins attractifs en termes d’impôt sur le capital pour une société ordinaire, est en réalité l’un des plus attractif pour les sociétés de type holding.
