Die Kapitalsteuer wird ausschliesslich auf kantonaler und kommunaler Ebene erhoben. Bezüglich der Gewinnsteuer wird der kantonale Grundtarif mit kantonalen und kommunalen Koeffizienten (bzw. Hundertsätzen) multipliziert. Der Grundtarif beträgt im Kanton Waadt 0,06 %, im Kanton Genf 0,18 % und im Kanton Zürich 0,075 %.

In den meisten Kantonen, wie z. B. Waadt, Genf, Bern oder Thurgau, wird die Kapitalsteuer mit der Gewinnsteuer verrechnet. Das bedeutet, dass die Kapitalsteuer entfällt, sobald die kantonale und kommunale Gewinnsteuer höher ist als die Kapitalsteuer. So wird die Kapitalsteuer im Kanton Waadt ab einem steuerbaren Gewinn von mehr als 2 %, im Kanton Genf ab 7 % und im Kanton Thurgau ab 0,6 % angerechnet. Zu beachten ist, dass die Anrechnung im Kanton Genf schrittweise in Tranchen von 25 % erfolgt, bis im Jahr 2025 eine vollständige Anrechnung erreicht ist. Die meisten Schweizer Kantone haben diese Massnahme bereits eingeführt, mit einigen wenigen Ausnahmen.

Zweitens hat die RFFA zwar die besonderen Steuerstatuten wie den Holdinggesellschaftsstatus abgeschafft, welche die Besteuerung des Eigenkapitals zu einem reduzierten Satz ermöglichten. Dennoch lässt die RFFA den Kantonen die Möglichkeit für langfristige Darlehen, Beteiligungen und Patente einen reduzierten Steuersatz vorzusehen. Im Kern bedeutet dies, dass Unternehmen deren Haupttätigkeit im Halten von Beteiligungen besteht zu einem Vorzugssatz besteuert werden. Die Steuersätze variieren jedoch stark von Kanton zu Kanton. So gehört Genf zwar zu den am wenigsten attraktiven Kantonen in Bezug auf die Kapitalsteuer für ein ordentliches Unternehmen, zählt jedoch gleichzeitig zu den attraktivsten für Holdinggesellschaften.

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